L'origine del nome del paese risale alla leggendaria Isola delle Femmine che vede nell'isola un carcere femminile, come testimonia Plinio il Giovane (62 dC) in una lettera a Traiano. Un'altra testimonianza fa risalire l'origine del suo nome al vocabolo latino “insula fimi”, ovvero "Isola di Eufemia" generale bizantino governatore della provincia di Palermo. I primi ritrovamenti storici documentati e testimoniati  da reperti archeologici risalgono all'epoca punica. Probabile colonia cartaginese, il sito presenta la  particolare condizione di porto sicuro alle spalle dell'isola, riparato dai venti di levante.

Dal bollettino della chiesa di Monreale datato 1912 si afferma che, con l'antico nome di "isola fimi"  risalente al 1176, significava che l'isola si trovava allo sbocco del seno marittimo che si estende verso

ovest fino a Punta Rais nel territorio di Hikkara, detto anche portum gall, poi Porto del Gallo nel 1581,  ed ora corrisponde alla punta della Grotta dell'Olio, tra il promontorio di Barcarello e Malpasso.

In data imprecisata la trappola fu costruita in fimi, dal latino FIMIS trascrizione della parola araba fim  (bocca), poi trasformato nel termine  Fimini, italiano delle femmine. La tonnara fu donata nel

1176 da Guglielmo II il Buon Abate Teobaldo, vescovo di Monreale, la notizia conferma da Federico nelle sue lettere del 1320. Intorno al 1400 fu edificata una chiesetta attigua alla tonnara per il culto dei pescatori. Tra il XV e il XVIII secolo la pirateria praticata in tutto il bacino del Mediterraneo provocò danni all'economia e alle zone marittime limitrofe alla costa, compresa la comunità di Isola delle Femmine. Mostrò la necessità di potenziare i centri urbani costieri con un sistema di torri allineate a pianta quadrata e circolare sui punti più alti del territorio, per avvistare il nemico dal mare, avvertire in tempo le popolazioni e predisporre per l'evacuazione la strategia difensiva necessaria per contrastare lo sbarco nemico. Alla fine del Cinquecento furono progettate e costruite centinaia di torri con la collaborazione dei più eminenti architetti dell'epoca, i Camilliani, che nel 1583 celebra un sopralluogo e una dettagliata perizia delle coste dell'isola di Sicilia. Sono ancora oggi presenti come segno di forte caratterizzazione del borgo, anche se non propriamente sfruttati, i ruderi delle due torri a mare ea terra, risalenti a quel periodo. Sull'isola, già metà di frequentazione in età punico-romana, attestata dal ritrovamento delle cisterne e delle ancore conducono nel tratto di mare compreso tra l'isola e Sferracavallo, si trova la "torre a mare", progettata dall'arch. militare toscano C. Camilliani ed eretta alla fine del XVI secolo a difesa di un borgo marinaro e delle zone limitrofe. L'edificio è a pianta quadrata e in parte a scarpata seminterrato, con due cisterne per la raccolta delle acque piovane e struttura muraria portante con spessore superiore a due metri. La "torre in terra", la cui presenza è attestata già nel 1176 a difesa della "Tonnarella monti e leva", è probabilmente edificata su una preesistente, già citata in documenti risalenti al 1329 e al 1383. Adattato alle esigenze difensive intorno al XV secolo, è costruito in tufo ed ha caratteristiche simili alle torri di Mondello e Sferracavallo, a pianta circolare a due piani, il inferiore dei quali abbinato a cisterna e sommità con volta a cupola, utilizzato dai torrari come deposito per armi, vettovaglie e corpo di guardia. Il terrazzo di copertura, raggiungibile da una scala interna parzialmente demolita, è circondato da un parapetto con aperture per i cannoni. La torre conservava, fino a pochi anni fa, tracce dell'originaria pavimentazione della cisterna, intonaco e rete di convogliamento e raccolta delle acque meteoriche alla cisterna. Recentemente è stato restaurato dalla Provincia Regionale di Palermo. Sia l'isolotto che il terreno appartenevano alla famiglia Bologna nel XVI secolo. Il tonno era di proprietà dell'Arcivescovo di Monreale, e presunto dal Conte Gilberto Bologna, proprietario dei fondi di Capaci che comprendevano l'attuale territorio dell'Isola, il quale rivendicava il suo diritto di proprietà affittando case e magazzini ai pescatori a caro prezzo. Nel 1799 il territorio facente parte del fondo dei Conti di Capaci fu concesso ai pescatori per la costruzione di un villaggio, che all'epoca presenta un modesto Addomesticamento con i siti individuati nella chiesa e nel caratterizzare la tonnara, che divenne dimora di famiglia dopo la sua partenza dai pescatori bolognesi per il cambio di rotta del tonno oggi attuale Casa Comunale. Si configura così il nucleo iniziale del centro cittadino di Isola delle Femmine costituito nell'attuale via di Maggio, Via Roma, Via Romeo e il cui asse trasversale è costituito dall'edificio della tonnara e dalle piazze Piazza Umberto I e XXI Aprile . Ai lati dell'aggregato sorgono il Piano ovest e il Piano est, dove stendono le reti ad asciugare. Considerata la configurazione del suolo del terreno, non adatto alla coltivazione, l'attività principale è sempre stata dedicata alla pesca, in particolare del tonno che stagionalmente attraversa le acque territoriali dei dintorni, caratteristica che ha condizionato lo sviluppo economico, sociale e urbanistico di il territorio legato al mare come fonte di sostentamento, tuttora fonte principale di molte attività locali. La ricchezza della fauna marina e del clima permisero la costruzione e lo sviluppo urbanistico nel centro urbano del borgo marinaro denominato tonnara nel 1831 e popolarmente denominato "Capaci Iusu" -Capaci-under. Il nome risale al 1800-10 e il tonno deriva dalla presenza dell'isolotto ad est del sito dove venivano calate le tonnare. Nel 1854 il comune di Tonno, appartenente al comune di Capaci, divenne comune autonomo a stato civile e si chiamò Isola delle Femmine. La popolazione da allora cresce progressivamente, salvo il periodo tra il 1880-1900 in cui una grande percentuale degli isolani emigrò a bordo delle navi resistenti; locali denominati “Capaciote”. L'emigrazione diventa esodo verso il  miraggio americano, con la fondazione del nuovo sobborgo di Pittsburg, sul fiume Sacramento, vicino a SanFrancisco. La crescita demografica riprese nel 1965 con il trasferimento della popolazione stagionale diPalermo per le vacanze estive. Nel 1997 la Regione Sicilia istituisce la Riserva Naturale Orientata (RNO)Isola delle Femmine (Isolotto), e nel 2003 il Ministro dell'Ambiente istituisce l'Area Marina Protetta diCapo Gallo - Isola delle Femmine, per testimoniarne labellezza paesaggistica, ambientale e fauna di terrae di mare all'Isola delle Femmine.